EdNet Агентствосунун негизги максаты билим берүү уюмдарынын бардык деңгээлдеринде жана алардын билим берүү программаларында мыкты өнүгүүгө дем берүү жана көмөк көрсөтүү, ошондой эле ар түрдүүлүк, теңчилик, инклюзивдүүлүк жана интеграция аркылуу алардын расмий жана эл аралык таануусу үчүн маанилүү талаптардын аткарылышын камсыз кылуу болуп саналат. Мындан тышкары, EdNet Кыргыз Республикасынын бүтүндөй билим берүү тутумунун, анын ичинде жогорку, башталгыч жана орто кесиптик билим берүүнүн жыргалчылыгы үчүн жана жогорку билимди баалоого өзгөчө басым жасоо менен, иш берүүчүлөрдүн, студенттердин жана коомчулуктун катышуусун активдештирүү менен  өзүнүн ишин алып барат.

EdNet агенттигинин негизги максаттарынын кээ бирлери болуп төмөнкүлөр эсептелет:

-        Эл аралык практиканы жана эл аралык стандарттарды шайкештирүү менен, улуттук билим берүүнүн ички жана тышкы сапатын камсыздоонун системасын жана улуттук аккредитациялоо тутумун калыптандырууга жана өнүктүрүүгө көмөктөшүү;

-        Билим берүү уюмдарынын бардык деңгээлдеринде жана алардын билим берүү программаларында иштин сапатын баалоого карата мамилени дайыма өркүндөтүү;

-        Билим берүү системасында сапат маданиятын, академиялык сапатты өркүндөтүү, жоопкерчиликти көтөрүү жана бул аспект боюнча коомчулуктун маалымдуулугун жогорулатуу;

-        Сапатты баалоодо калыс, объективдүү, ачык-айкын жана жогорку профессионалдуулукту камсыз кылуу, аккредитациялоо маселелери боюнча чечимдерди кабыл алууда практиканын жана этикалык жүрүм-турумдун бүтүндүгүн сактоо менен билим берүү программаларына жана билим берүү уюмдарына аккредитациялоону жүргүзүү;

-        Окуу процессинде жана илимий изилдөөдө, ошондой эле билим берүү уюмун башкарууда инновацияларды өркүндөтүүнү жана колдонууну колдоо;

-        Сапаттуу билим берүү системасын өнүктүрүүгө жумуш берүүчүлөрдүн, студенттердин жана жалпысынан коомчулуктун катышуусуна көмөктөшүү.